(آشنایی با لمپس) - شبیه سازی DNA با نرم افزار لمپس (LAMMPS) به روش دینامیک مولکولی

(آموزش lammps) در این آموزش مولکول DNA را به روش دینامیک مولکولی در داخل آب و یون شبیه سازی کردیم. در مورد مولکول دی ان آ توضیحاتی داده ایم. نحوه تولید دیتا فایل و فایل ورودی گام به گام توضیح داده شده است. در آخر سر از برنامه اجرا گرفته و با استفاده از VMD آن را نمایش داده ایم. میدان نیرو چارم (Force Field CHARMM) در این شبیه سازی استفاده  شده است. مدل آب نیز TIP3P می باشد. طول فیلم ۵۰ دقیقه با کیفیت HD می باشد.این آموزش توی لینوکس ابونتو تهیه شده و قابل انجام است.  تاریخ انتشار ۱۶ فروردین ۱۳۹۵ ...

(آشنایی با لمپس) - شبیه سازی دینامیک مولکولی پروتئین و آب با استفاده از نرم افزار لمپس (LAMMPS)

(آموزش lammps) در این آموزش شبیه سازی دینامیک مولکولی پروتئین و آب با میدان نیروی charmm27 توضیح داده شده است. هدف از این شبیه سازی تولید دیتافایل و فایل ورودی برای شبیه سازی است. گام به گام و به زبان ساده توضیح داده شده است. همه فایلهای مورد نیاز برای این شبیه سازی در اختیار شما قرار میگیرد. حجم فایل در حدود ۲۰۰ مگابایت و مجموع طول ۲ فیلم (هم شبیه سازی پروتئین و هم شبیه سازی آب) ۴۳ دقیقه است. سعی شده است فیلم با بهترین کیفیت تولید شود. این آموزش توی لینوکس ابونتو تهیه شده و قابل انجام است. ...

پاورپوینت کاربرد رایانه در مدلسازی پروتئین ها

پاورپوینت کاربرد رایانه در مدلسازی پروتئین ها

این پاورپوینت با موضوع کاربرد رایانه در مدلسازی پروتین ها در 147 اسلاید با عناوین زیر

مقدمه
میدان نیرو
حداقل سازی (MM) یا بهینه سازی هندسی
شبیه سازی دینامیک مولکولی(MD)
کاربردها و چالش های شبیه سازی دینامیک مولکولی
آشنایی با برنامه گرومکس
شبیه سازی مونت کارلو(MC)
هومولوژی مدلینگ
آشنایی با روش های مدل سازی داکینگ(Docking)

بخشی از متن فایل:

مدل: یک زیر مجموعه یا زیر سیستم از سیستم اصلی که ساده تر از سیستمی است که از آن الگو می گیردو باعث درک بهتر از آن و پیشگویی خواص ورفتار آن سامانه می شود.

مدل سازی مولکولی:
تقلید رفتار یک مولکول در غالب ریاضی و فیزیک

شبیه سازی (هم رفتاری یا هم کرداری):
در مطالعه پدیده ها شرایطی (آزمایشگاهی یا رایانه ای) ایجاد می کنیم که متناظر با شرایط طبیعی است، باشدمثلا مطالعه زندگی پنگوئن ها در شهرکرد، برخلاف مدل سازی ، شبیه سازی می تواند پیچیده تر از سیستم مورد مطالعه باشد.

پاورپوینت , کاربرد رایانه در مدلسازی پروتئین ها , 147 اسلاید , pptx

این پاورپوینت با موضوع کاربرد رایانه در مدلسازی پروتین ها در 147 اسلاید با عناوین زیر مقدمه میدان نیرو حداقل سازی (MM) یا بهینه سازی هندسی شبیه سازی دینامیک مولکولی(MD)  کاربردها و چالش های شبیه سازی دینامیک مولکولی آشنایی با برنامه گرومکس  شبیه سازی مونت کارلو(MC) هومولوژی مدلینگ آشنایی با روش های مدل سازی داکینگ(Docking) مدل : یک زیر مجموعه یا زیر سیستم از سیستم اصلی که ساده تر از سیستمی است که از آن الگو می گیردو باعث درک بهتر از آن و پیشگویی خواص ورفتار آن سامانه می شود. مدل سازی مولکولی: تقلید رفتار یک مولکول در غالب ریاضی و فیزیک شبیه سازی   (هم رفتاری یا هم کرداری): در مطالعه پدیده ها شرایطی (آزمایشگاهی یا رایانه ای) ایجاد می کنیم که متناظر با شرایط طبیعی است، باشدمثلا مطالعه زندگی پنگوئن ها در شهرکرد، برخلاف مدل سازی ، شبیه سازی می تواند پیچیده تر از سیستم مورد مطالعه باشد. متناظر یعنی نظیر به نظیر   متناظر : دما ، فشار، تعداد متغیر ها ، ...   ا طلاعات حاصل از شبیه سازی هم از لحاظ تحقیقاتی و هم از لحاظ صنعتی سودمند اند زیر ...

پاورپوینت , کاربرد رایانه در مدلسازی پروتئین ها , 147 اسلاید , pptx

این پاورپوینت با موضوع کاربرد رایانه در مدلسازی پروتین ها در 147 اسلاید با عناوین زیر مقدمه میدان نیرو حداقل سازی (MM) یا بهینه سازی هندسی شبیه سازی دینامیک مولکولی(MD)  کاربردها و چالش های شبیه سازی دینامیک مولکولی آشنایی با برنامه گرومکس  شبیه سازی مونت کارلو(MC) هومولوژی مدلینگ آشنایی با روش های مدل سازی داکینگ(Docking) مدل : یک زیر مجموعه یا زیر سیستم از سیستم اصلی که ساده تر از سیستمی است که از آن الگو می گیردو باعث درک بهتر از آن و پیشگویی خواص ورفتار آن سامانه می شود. مدل سازی مولکولی: تقلید رفتار یک مولکول در غالب ریاضی و فیزیک شبیه سازی   (هم رفتاری یا هم کرداری): در مطالعه پدیده ها شرایطی (آزمایشگاهی یا رایانه ای) ایجاد می کنیم که متناظر با شرایط طبیعی است، باشدمثلا مطالعه زندگی پنگوئن ها در شهرکرد، برخلاف مدل سازی ، شبیه سازی می تواند پیچیده تر از سیستم مورد مطالعه باشد. متناظر یعنی نظیر به نظیر   متناظر : دما ، فشار، تعداد متغیر ها ، ...   ا طلاعات حاصل از شبیه سازی هم از لحاظ تحقیقاتی و هم از لحاظ صنعتی سودمند اند زیر ...

پاورپوینت , کاربرد رایانه در مدلسازی پروتئین ها , 147 اسلاید , pptx

این پاورپوینت با موضوع کاربرد رایانه در مدلسازی پروتین ها در 147 اسلاید با عناوین زیر مقدمه میدان نیرو حداقل سازی (MM) یا بهینه سازی هندسی شبیه سازی دینامیک مولکولی(MD)  کاربردها و چالش های شبیه سازی دینامیک مولکولی آشنایی با برنامه گرومکس  شبیه سازی مونت کارلو(MC) هومولوژی مدلینگ آشنایی با روش های مدل سازی داکینگ(Docking) مدل : یک زیر مجموعه یا زیر سیستم از سیستم اصلی که ساده تر از سیستمی است که از آن الگو می گیردو باعث درک بهتر از آن و پیشگویی خواص ورفتار آن سامانه می شود. مدل سازی مولکولی: تقلید رفتار یک مولکول در غالب ریاضی و فیزیک شبیه سازی   (هم رفتاری یا هم کرداری): در مطالعه پدیده ها شرایطی (آزمایشگاهی یا رایانه ای) ایجاد می کنیم که متناظر با شرایط طبیعی است، باشدمثلا مطالعه زندگی پنگوئن ها در شهرکرد، برخلاف مدل سازی ، شبیه سازی می تواند پیچیده تر از سیستم مورد مطالعه باشد. متناظر یعنی نظیر به نظیر   متناظر : دما ، فشار، تعداد متغیر ها ، ...   ا طلاعات حاصل از شبیه سازی هم از لحاظ تحقیقاتی و هم از لحاظ صنعتی سودمند اند زیر ...