(آشنایی با لمپس) - شبیه سازی DNA با نرم افزار لمپس (LAMMPS) به روش دینامیک مولکولی

(آموزش lammps) در این آموزش مولکول DNA را به روش دینامیک مولکولی در داخل آب و یون شبیه سازی کردیم. در مورد مولکول دی ان آ توضیحاتی داده ایم. نحوه تولید دیتا فایل و فایل ورودی گام به گام توضیح داده شده است. در آخر سر از برنامه اجرا گرفته و با استفاده از VMD آن را نمایش داده ایم. میدان نیرو چارم (Force Field CHARMM) در این شبیه سازی استفاده  شده است. مدل آب نیز TIP3P می باشد. طول فیلم ۵۰ دقیقه با کیفیت HD می باشد.این آموزش توی لینوکس ابونتو تهیه شده و قابل انجام است.  تاریخ انتشار ۱۶ فروردین ۱۳۹۵ ...

(آشنایی با لمپس) - شبیه سازی دینامیک مولکولی پروتئین و آب با استفاده از نرم افزار لمپس (LAMMPS)

(آموزش lammps) در این آموزش شبیه سازی دینامیک مولکولی پروتئین و آب با میدان نیروی charmm27 توضیح داده شده است. هدف از این شبیه سازی تولید دیتافایل و فایل ورودی برای شبیه سازی است. گام به گام و به زبان ساده توضیح داده شده است. همه فایلهای مورد نیاز برای این شبیه سازی در اختیار شما قرار میگیرد. حجم فایل در حدود ۲۰۰ مگابایت و مجموع طول ۲ فیلم (هم شبیه سازی پروتئین و هم شبیه سازی آب) ۴۳ دقیقه است. سعی شده است فیلم با بهترین کیفیت تولید شود. این آموزش توی لینوکس ابونتو تهیه شده و قابل انجام است. ...