(آشنایی با لمپس) - شبیه سازی بررسی انتشار ترک در گرافن (Graphene) به سه حالت با استفاده از نرم افزار لمپس (LAMMPS)

(آموزش lammps) در این آموزش یک گرافن (Graphene) با ابعاد ۱۰ نانومتر در ۱۰ نانومتر با استفاده از نرم افزار لمپس (LAMMPS) شبیه سازی شده است. برای مدل کردن برهمکنش بین اتمی از پتانسیل ترسوف (Tersoff) استفاده کرده ایم. در این شبیه سازی به سه حالت انتشار ترک را بررسی کرده ایم. در اینجا کمیتی مورد محاسبه قرار نگرفته است و فقط فایل های ورودی و دیتا ساخته شده و دستوراتی را اضافه کرده ایم تا ترک را در گرافن ببینیم. تمامی فایل های این سه حالت به همراه این آموزش تقدیم خواهد شد. کیفیت فیلم HD می باشد.مدت زمان آموزش ۳۰ دقیقه می باشد. تاریخ انتشار ۹۵/۱/۲۸ ...

(آشنایی با لمپس) - شبیه سازی دینامیک مولکولی پروتئین و آب با استفاده از نرم افزار لمپس (LAMMPS)

(آموزش lammps) در این آموزش شبیه سازی دینامیک مولکولی پروتئین و آب با میدان نیروی charmm27 توضیح داده شده است. هدف از این شبیه سازی تولید دیتافایل و فایل ورودی برای شبیه سازی است. گام به گام و به زبان ساده توضیح داده شده است. همه فایلهای مورد نیاز برای این شبیه سازی در اختیار شما قرار میگیرد. حجم فایل در حدود ۲۰۰ مگابایت و مجموع طول ۲ فیلم (هم شبیه سازی پروتئین و هم شبیه سازی آب) ۴۳ دقیقه است. سعی شده است فیلم با بهترین کیفیت تولید شود. این آموزش توی لینوکس ابونتو تهیه شده و قابل انجام است. ...

(آشنایی با لمپس) - آموزش پکمول (Packmol) برای ایجاد پیکربندی اولیه برای شبیه سازی دینامیک مولکولی

برای ایجاد پیکربندی اولیه در شبیه سازی مولکولی نیاز به نرم افزار پکمول (Packmol) دارید. این نرم افزار مولکولهای شما را به تعداد دلخواه و با چگالی معین در جعبه شبیه سازی شما قرار می دهد. این آموزش در محیط لینوکس ubuntu بوده و مدت آن ۲۱ دقیقه و حجم آن ۷۲ مگابایت است. فرمت فایل mp4 می باشد. تاریخ انتشار: ۶ فروردین ۱۳۹۵ ...

پاورپوینت کاربرد رایانه در مدلسازی پروتئین ها

پاورپوینت کاربرد رایانه در مدلسازی پروتئین ها

این پاورپوینت با موضوع کاربرد رایانه در مدلسازی پروتین ها در 147 اسلاید با عناوین زیر

مقدمه
میدان نیرو
حداقل سازی (MM) یا بهینه سازی هندسی
شبیه سازی دینامیک مولکولی(MD)
کاربردها و چالش های شبیه سازی دینامیک مولکولی
آشنایی با برنامه گرومکس
شبیه سازی مونت کارلو(MC)
هومولوژی مدلینگ
آشنایی با روش های مدل سازی داکینگ(Docking)

بخشی از متن فایل:

مدل: یک زیر مجموعه یا زیر سیستم از سیستم اصلی که ساده تر از سیستمی است که از آن الگو می گیردو باعث درک بهتر از آن و پیشگویی خواص ورفتار آن سامانه می شود.

مدل سازی مولکولی:
تقلید رفتار یک مولکول در غالب ریاضی و فیزیک

شبیه سازی (هم رفتاری یا هم کرداری):
در مطالعه پدیده ها شرایطی (آزمایشگاهی یا رایانه ای) ایجاد می کنیم که متناظر با شرایط طبیعی است، باشدمثلا مطالعه زندگی پنگوئن ها در شهرکرد، برخلاف مدل سازی ، شبیه سازی می تواند پیچیده تر از سیستم مورد مطالعه باشد.

پاورپوینت , کاربرد رایانه در مدلسازی پروتئین ها , 147 اسلاید , pptx

این پاورپوینت با موضوع کاربرد رایانه در مدلسازی پروتین ها در 147 اسلاید با عناوین زیر مقدمه میدان نیرو حداقل سازی (MM) یا بهینه سازی هندسی شبیه سازی دینامیک مولکولی(MD)  کاربردها و چالش های شبیه سازی دینامیک مولکولی آشنایی با برنامه گرومکس  شبیه سازی مونت کارلو(MC) هومولوژی مدلینگ آشنایی با روش های مدل سازی داکینگ(Docking) مدل : یک زیر مجموعه یا زیر سیستم از سیستم اصلی که ساده تر از سیستمی است که از آن الگو می گیردو باعث درک بهتر از آن و پیشگویی خواص ورفتار آن سامانه می شود. مدل سازی مولکولی: تقلید رفتار یک مولکول در غالب ریاضی و فیزیک شبیه سازی   (هم رفتاری یا هم کرداری): در مطالعه پدیده ها شرایطی (آزمایشگاهی یا رایانه ای) ایجاد می کنیم که متناظر با شرایط طبیعی است، باشدمثلا مطالعه زندگی پنگوئن ها در شهرکرد، برخلاف مدل سازی ، شبیه سازی می تواند پیچیده تر از سیستم مورد مطالعه باشد. متناظر یعنی نظیر به نظیر   متناظر : دما ، فشار، تعداد متغیر ها ، ...   ا طلاعات حاصل از شبیه سازی هم از لحاظ تحقیقاتی و هم از لحاظ صنعتی سودمند اند زیر ...

پاورپوینت , کاربرد رایانه در مدلسازی پروتئین ها , 147 اسلاید , pptx

این پاورپوینت با موضوع کاربرد رایانه در مدلسازی پروتین ها در 147 اسلاید با عناوین زیر مقدمه میدان نیرو حداقل سازی (MM) یا بهینه سازی هندسی شبیه سازی دینامیک مولکولی(MD)  کاربردها و چالش های شبیه سازی دینامیک مولکولی آشنایی با برنامه گرومکس  شبیه سازی مونت کارلو(MC) هومولوژی مدلینگ آشنایی با روش های مدل سازی داکینگ(Docking) مدل : یک زیر مجموعه یا زیر سیستم از سیستم اصلی که ساده تر از سیستمی است که از آن الگو می گیردو باعث درک بهتر از آن و پیشگویی خواص ورفتار آن سامانه می شود. مدل سازی مولکولی: تقلید رفتار یک مولکول در غالب ریاضی و فیزیک شبیه سازی   (هم رفتاری یا هم کرداری): در مطالعه پدیده ها شرایطی (آزمایشگاهی یا رایانه ای) ایجاد می کنیم که متناظر با شرایط طبیعی است، باشدمثلا مطالعه زندگی پنگوئن ها در شهرکرد، برخلاف مدل سازی ، شبیه سازی می تواند پیچیده تر از سیستم مورد مطالعه باشد. متناظر یعنی نظیر به نظیر   متناظر : دما ، فشار، تعداد متغیر ها ، ...   ا طلاعات حاصل از شبیه سازی هم از لحاظ تحقیقاتی و هم از لحاظ صنعتی سودمند اند زیر ...