(آشنایی با لمپس) شبیه سازی و محاسبه مدول یانگ (Youngs Modulus) برای آلومینیوم بالک (Bulk)‌ با نرم افزار LAMMPS

(آموزش LAMMPS) در این شبیه سازی دینامیک مولکولی شما خواهید دید که چگونه مدول یانگ (Young's Modulus) جسم حجیم آلومینیوم (Bulk) محاسبه می شود. این روش می تواند برای عناصر دیگر هم کاربرد داشته باشد. آنسامبل مورد استفاده NVT می باشد. دمای سیستم با استفاده از ترموستات نوز-هوفر روی ۳۰۰ کلوین نگه داشته شده است. مدت آموزش ۴۲ دقیقه می باشد. تاریخ انتشار ۹۵/۴/۱۰ ...

(آشنایی با لمپس) شبیه سازی تاثیر کرنش (Strain) بر ضریب هدایت گرمایی (Thermal Conductivity) نانولوله کربنی با LAMMPS

(آموزش LAMMPS) در این آموزش تصویری یک نانولوله کربنی (SWCN) تحت کرنش (Strain) قرار می گیرد و سپس ضریب هدایت گرمایی Thermal Conductivity را برای نانولوله کربنی محاسبه می کنیم. نتیجه این شبیه سازی با حالت بدون کرنش مقایسه می شود. این عمل در فرآیند تنظیم کردن Tuning ضریب هدایت گرمایی کاربرد دارد. با این روش می توانید کرنش را به دلخواه تغییر داده و  مقدار ضریب هدایت گرمایی را به مقدار دلخواه برسانید. این آموزش در لینوکس ابونتو تهیه شده و برای کابران سیستم عامل ویندوز نیز قابل استفاده است. تاریخ انتشار ۹۵/۳/۲۸ ...

(آشنایی با لمپس) شبیه سازی نانوسیال حاوی نانولوله کربنی و آب با پتانسیل ترکیبی Hybrid به کمک لمپس LAMMPS

(آشنایی با LAMMPS) در این آموزش یک نانولوله کربنی در داخل آب با مدل TIP3P قرار گرفته است و این سیستم به کمک نرم افزار لمپس شبیه سازی شده است. نحوه شبیه سازی گام به گام گفته شده است. در این شبیه سازی از پتانسیل ترکیبی Hybrid استفاده شده است. زمان آموزش ۱ ساعت بوده و تمامی فایلها نیز همراه آموزش تقدیم خواهد شد. این شبیه سازی در سیستم عامل لینوکس ubuntu انجام شده است. ...

مقدمه ای بر اصول و الگوریتم روش دینامیک مولکولی و مونت کارلو به زبان بسیار ساده

در شبیه سازی مولکولی مولکول ها و اتم ها در داخل جعبه شبیه سازی حرکت می کنند و بر اساس برهمکنش های درون و بین مولکولی که با یکدیگر دارند، مولکول ها و اتم های مورد بررسی در راستای رسیدن به کمترین سطح انرژی و تعادل سیستم حرکت می کنند. جابجایی مولکول ها بر اساس الگوریتم های مختلفی انجام می شود که به روش شبیه سازی مولکولی انتخابی بستگی دارد. در این فیلم آموزشی روش دینامیک مولکولی و مونت کارلو بصورت ساده و مختصر بررسی می شود.   اولین مرجع تخصصی و جامع شبیه سازی مولکولی (نانوفناوری محاسباتی) در ایران   ...

مقدمه ای بر اصول شبیه سازی مولکولی با گذری مختصر بر مکانیک آماری و کوانتوم و بررسی روند شبیه سازی مولکولی علمی

انجام مطالعات و بررسی های دقیق و علمی مستلزم یادگیری اصول و مفاهیم اساسی در هر زمینه است که انجام محاسبات شبیه سازی مولکولی(نانوفناوری محاسباتی)  از این اصل مستثنی نیست. نظر به این که شبیه سازی مولکولی در کشور ما نوپاست و بسیار وسیع و گسترده است، نیاز است اصول و مفاهیم آن از دیدگاه کاربردی بررسی و متناسب با نیاز در هر بخش جزئیات بیشتری بررسی شود. تجربه 10 ساله در زمینه شبیه سازی مولکولی، ما را بر آن داشت که اصول و مفاهیم مورد نیاز در این حیطه را به زبانی ساده و به اختصار گردآوری و تحت سرفصل آموزشی زیر ارائه نماییم: سرفصل آموزشی: قابلیت های شبیه سازی مولکولی جایگاه علمی شبیه سازی مولکولی مکانیک آماری انسمبل مکانیک کوانتوم توابع برهمکنش و میدان نیرو مراحل انجام شبیه سازی مولکولی علمی   اولین مرجع تخصصی و جامع شبیه سازی مولکولی (نانوفناوری محاسباتی) در ایران       ...

(آشنایی با لمپس) شبیه سازی گرافن آلایش شده (Doped graphene) با اتم نیتروژن و بور به کمک نرم افزار لمپس (LAMMPS)

(آموزش lammps) در این آموزش تصویری عمل آلایش کردن (Doping) گرافن را با استفاده از نرم افزار لمپس (LAMMPS) به روش دینامیک مولکولی شبیه سازی می کنیم. شما یاد خواهید گرفت که چگونه اتم نیتروژن و بور را بصورت درصدی و در نواحی دلخواه روی گرافن آلایش کنید. عمل آلایش کردن باعث می شود خصوصیات ترمودینامیکی و مکانیکی گرافن تغییر کند. در واقع با این عمل خصوصیات گرافن تنظیم می شود. در مدت زمان ۲۲ دقیقه این آموزس را یاد خواهید گرفت. حجم فایل ۸۰ مگابایت و به فرمت mp4 می باشد.این آموزش توی لینوکس ابونتو تهیه شده و قابل انجام است. تاریخ انتشار ۹۵/۲/۱۱ ...

(آشنایی با لمپس) - آشنایی مقدماتی با نرم افزار لمپس (LAMMPS) به کمک شبیه سازی گاز آرگون

(آموزش lammps) در این آموزش آشنایی مقدماتی با شبیه سازی دینامیک مولکولی با استفاده از نرم افزار لمپس (LAMMPS) پیدا می کنید. با استفاده از شبیه سازی گاز آرگون سعی کردیم نحوه استفاده از راهنمای خود لمپس را آموزش داده و همچنین بصورت دقیق به دستورات موجود در این شبیه سازی بپردازیم و آن ها را توضیح دهیم. این شبیه سازی برای کسانی که می خواهند با لمپس آشنا شوند توصیه می شود. فایل شبیه سازی در کنار آموزش تقدیم خواهد شد. حجم فایل در حدود ۸۸ مگابایت و طول آموزش ۳۶ دقیقه با کیفیت HD می باشد. تاریخ انتشار ۲۶ فروردین ۹۵ ...

(آشنایی با لمپس) - نحوه نصب نرم افزار لمپس (LAMMPS) بصورت موازی و سریال و اجرای یک مثال بصورت موازی و سریال

(آموزش lammps) در این آموزش شما یاد خواهید گرفت که چگونه نرم افزار شبیه سازی دینامیک مولکولی لمپس (LAMMPS) را هم بصورت موازی (Parallel) و هم سریال (serial) در محیط لینوکس ubuntu نصب کنید. دو روش برای شما ذکر خواهد شد که شما را قادر می سازد به آسانی این نرم افزار را رسم کنید و برنامه های خود را اجرا کنید. یک مثال هم در این آموزش بصورت موازی و هم بصورت سریال اجرا خواهد شد. کیفیت فیلم HD است. دو روش برای نصب در این برنامه ذکر خواهد شد. ...

(آشنایی با لمپس) - شبیه سازی DNA با نرم افزار لمپس (LAMMPS) به روش دینامیک مولکولی

(آموزش lammps) در این آموزش مولکول DNA را به روش دینامیک مولکولی در داخل آب و یون شبیه سازی کردیم. در مورد مولکول دی ان آ توضیحاتی داده ایم. نحوه تولید دیتا فایل و فایل ورودی گام به گام توضیح داده شده است. در آخر سر از برنامه اجرا گرفته و با استفاده از VMD آن را نمایش داده ایم. میدان نیرو چارم (Force Field CHARMM) در این شبیه سازی استفاده  شده است. مدل آب نیز TIP3P می باشد. طول فیلم ۵۰ دقیقه با کیفیت HD می باشد.این آموزش توی لینوکس ابونتو تهیه شده و قابل انجام است.  تاریخ انتشار ۱۶ فروردین ۱۳۹۵ ...

(آشنایی با لمپس) - شبیه سازی نانولوله کربنی (Carbon Nanotube) با نرم افزار لمپس (LAMMPS) به روش دینامیک مولکولی

(آموزش lammps) در این شبیه سازی یک نانولوله کربنی با استفاده از نرم افزار vmd ساخته می شود و از روی آن دیتا فایل ایجاد می گردد. پتانسیل مورد نظر برای مدل کردن بر هم کنش بین اتمهای کربن ترسوف (Tersoff) می باشد. طول فیم ۲۱ دقیقه و به فرمت mp4 است. کیفیت فیلم HD است.این آموزش توی لینوکس ابونتو تهیه شده و قابل انجام است.  تاریخ انتشار ۱۵ فروردین ۱۳۹۵ ...

(آشنایی با لمپس) - شبیه سازی غشای سلولی با نرم افزار لمپس (LAMMPS) به روش دینامیک مولکولی

(آموزش lammps) در این آموزش سعی شده است به روش ساده و گام به گام غشای سلولی را به روش دینامیک مولکولی شبیه سازی کرده و آن را اجرا کنیم. نرم افزار مورد استفاده لمپس (LAMMPS) می باشد. فایلهای مورد نیاز همراه آموزش قرار داده شده اند. طول فیلم ۱۶ دقیقه و حجم آم ۱۴۰ مگابایت و به فرمت mp4 است. آموزش در محیط لینوکس ubuntu می باشد. تاریخ انتشار ۱۴ فروردین ۱۳۹۵ ...

(آشنایی با لمپس) - آموزش پکمول (Packmol) برای ایجاد پیکربندی اولیه برای شبیه سازی دینامیک مولکولی

برای ایجاد پیکربندی اولیه در شبیه سازی مولکولی نیاز به نرم افزار پکمول (Packmol) دارید. این نرم افزار مولکولهای شما را به تعداد دلخواه و با چگالی معین در جعبه شبیه سازی شما قرار می دهد. این آموزش در محیط لینوکس ubuntu بوده و مدت آن ۲۱ دقیقه و حجم آن ۷۲ مگابایت است. فرمت فایل mp4 می باشد. تاریخ انتشار: ۶ فروردین ۱۳۹۵ ...

(آشنایی با لمپس) - نصب VMD جهت نمایش نتایج شبیه سازی دینامیک مولکولی

در این آموزش نحوه دانلود و نصب نرم افزار VMD روی سیستم عامل لینوکس ubuntu به زبان ساده توضیح داده می شود. آموزش به زبان فارسی است. فایل ویدیویی 14 مگابایت حجم دارد و مدت زمان آموزش نیز در حدود 4 دقیقه می باشد. همچنین فرمت ویدیو mp4 است. تاریخ انتشار: ۵ فروردین 1395 ...

(آشنایی با لمپس) شبیه سازی نانوسیال حاوی نانولوله کربنی و آب با پتانسیل ترکیبی Hybrid به کمک لمپس LAMMPS

(آشنایی با LAMMPS) در این آموزش یک نانولوله کربنی در داخل آب با مدل TIP3P قرار گرفته است و این سیستم به کمک نرم افزار لمپس شبیه سازی شده است. نحوه شبیه سازی گام به گام گفته شده است. در این شبیه سازی از پتانسیل ترکیبی Hybrid استفاده شده است. زمان آموزش ۱ ساعت بوده و تمامی فایلها نیز همراه آموزش تقدیم خواهد شد. این شبیه سازی در سیستم عامل لینوکس ubuntu انجام شده است. ...

(آشنایی با لمپس) شبیه سازی و محاسبه مدول یانگ (Youngs Modulus) برای آلومینیوم بالک (Bulk)‌ با نرم افزار LAMMPS

(آموزش LAMMPS) در این شبیه سازی دینامیک مولکولی شما خواهید دید که چگونه مدول یانگ (Young's Modulus) جسم حجیم آلومینیوم (Bulk) محاسبه می شود. این روش می تواند برای عناصر دیگر هم کاربرد داشته باشد. آنسامبل مورد استفاده NVT می باشد. دمای سیستم با استفاده از ترموستات نوز-هوفر روی ۳۰۰ کلوین نگه داشته شده است. مدت آموزش ۴۲ دقیقه می باشد. تاریخ انتشار ۹۵/۴/۱۰ ...